Die FFH- und die Vogelschutz-Richtlinie sollen die biologische Vielfalt erhalten. Für FFH-Arten, Vogelarten und ihre Lebensräume ist die Bewahrung oder Wiederherstellung des günstigen Erhaltungszustandes Zielsetzung. Zentrales Instrument ist das Schutzgebietssystem „NATURA 2000“.
Grundlage für die Ausweisung von Vogelschutzgebieten und FFH-Gebieten sind die EU-Richt-linien: Richtlinie 79/409/EG der Kommission vom 2. April 1979 und Richtlinie 92/43/EWG des Rates vom 21. Mai 1992.
Zweck dieser Richtlinie ist es, die Erhaltung der biologischen Vielfalt zu fördern, wobei jedoch die wirtschaftlichen, sozialen, kulturellen und regionalen Anforderungen berücksichtigt werden sollen. Damit soll ein Beitrag zu dem allgemeinen Ziel einer nachhaltigen Entwicklung geleistet werden. Die Erhaltung der biologischen Vielfalt kann in bestimmten Fällen durch die Fortführung oder auch die Förderung bestehender Nutzungen sichergestellt werden.
Bestimmte natürliche Lebensraumtypen und bestimmte Arten sind angesichts der Bedrohung, der sie ausgesetzt sind, als prioritär einzustufen, es sollen Maßnahmen zu ihrer Erhaltung zügig durchgeführt werden. Zur Wiederherstellung oder Wahrung eines günstigen Erhaltungszustandes der natürlichen Lebensräume und Arten von gemeinschaftlichem Interesse sind besondere Schutzgebiete, die FFH-Gebiete, auszuweisen.
Schutz, Pflege oder Wiederherstellung einer ausreichenden Vielfalt und einer ausreichenden Flächengröße der Lebensräume ist für die Erhaltung aller Vogelarten unentbehrlich. Durch die Ausweisung von Vogelschutzgebieten soll deren Fortbestand und Fortpflanzung in ihrem Verbreitungsgebiet gefördert werden.
Die Auswahl und Abgrenzung der Gebiete wurde europaweit zum ersten Mal vorgenommen. Als wesentliches Auswahlkriterium wurde die Verantwortung der EU für den globalen Erhalt von bestimmten Arten und Lebensräumen einbezogen. Dies bedeutet, dass z. B. die bei uns weit verbreiteten und nicht gefährdeten Buchenwälder in das Schutzsystem mit aufgenommen wurden, da natürliche Vorkommen dieses Lebensraumtyps außerhalb von Europa nicht vorhanden sind.
Die FFH- und Vogelschutzgebiete werden zusammengefasst und als NATURA 2000-Gebiete bezeichnet. Soweit die FFH-Gebiete noch nicht als Naturschutzgebiete festgesetzt sind, begründet die EU-Richtlinie die Forderung, diese Flächen entsprechend der Schutzziele als Schutzgebiete zu sichern.
Die FFH- und Vogelschutzgebiete sind zu „geschützten Teilen von Natur und Landschaft“ zu erklären, was i. d. R. durch die Festsetzung als Naturschutz- oder Landschaftsschutzgebiet geschieht, wobei eine teilräumige Differenzierung des Schutzes notwendig werden kann.
Bei der Ausweisung soll der Schutzzweck den jeweiligen Erhaltungszielen und erforderlichen Gebietsabgrenzungen entsprechen, dabei ist auf prioritäre natürliche Lebensräume und prioritäre Arten hinzuweisen. Geeignete Gebote und Verbote, Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen stellen sicher, dass den Anforderungen der FFH- und Vogelschutzrichtlinien entsprochen wird.
In Niedersachsen ist die Ausweisung der NATURA 2000-Gebiete und ihre Sicherung durch ordnungsbehördliche Verordnungen bis Ende 2018 vorgesehen.
Maßnahmepläne (Bewirtschaftungspläne) gem. § 32 Abs. 5 BNatSchG konkretisieren als Fachkonzepte die Schutzziele für die gebietsrelevanten FFH-Arten und -Lebensraumtypen in der Fläche.
Jeder FFH-Lebensraum wird nach den vier Kriterien: Verbreitungsgebiet, Gesamtfläche bzw. Population, Strukturen und Funktionen benachbarter Habitate und Zukunftsaussichten bewertet, wobei die ungünstigste Einstufung das Gesamtergebnis bestimmt.
Verbesserungsmaßnahmen ergeben sich aus den lebensraumtypspezifischen Ursachen für den ungünstigen Erhaltungszustand. Ist die Qualität unzureichend, sind Maßnahmen zur Verbesserung der Arten- und Strukturvielfalt einzuleiten. Eine Entwicklung von zusätzlichen Flächen z. B. durch Extensivierung von Grünland oder Bestockungswechsel in Wäldern ist bei einer unzureichenden Lebensraumfläche oder -verbreitung angezeigt.